Che Guevara sinh ngày 14 tháng 6 năm 1928 tại Rosario, Argentina trong một gia đình truyền thống. Cha ông là Ernesto Guevara Lynch, mẹ là Celia dela Serna - một phụ nữ cấp tiến. Ông nội ông là Roberto – người sáng lập nên Hội Nông thôn Argentina, một tổ chức quyền lực của những đại địa chủ. Còn ông ngoại ông Juan Martin là nhà hoạt động chính trị rất tích cực trong những ngày đầu thành lập Liên đoàn Công dân Cấp tiến (UCR). Đây chính là đảng phái chính trị đầu tiên ở Argentina đã giành được sự ủng hộ rộng rãi của dân chúng khi ra đời, trong thời điểm diễn ra cuộc Cách mạng năm 1890. Che còn có một cụ tổ là người đã từng đi tìm vàng ở California, miền tây nước Mỹ.

Gia đình ông sống tại thị trấn Caraguatay, tỉnh Misiones, vùng đông bắc Argentina, sau chuyển tới San Isidro, một quận lị ngoại ô thủ đô Buenos Aires, rồi tới ngụ cư tại một thị trấn vùng đồi là thuộc tỉnh Cordoba là Altor Gracia.

Năm 2 tuổi, Che bị viêm phổi nặng, làm khởi phát căn bệnh khác, mà như mẹ Che nói, là một yếu tố rất quan trọng cấu thành nên ý chí sắt đá của ông, là hen suyễn.

Khi còn nhỏ, Che rất thích xem phim và đọc truyện phiêu lưu của Jack London, Jules Verne.